biobambam2
BAM [Business Activity Monitoring] es un conjunto de software y aplicaciones tecnológicas e informáticas que permiten monitorizar las actividades de negocio y los procesos de una organización ofreciendo principalmente resúmenes, reportes e informes en tiempo real del conjunto de las operaciones que se llevan a cabo. Consta de varios comandos: bamsormadup [ordenamiento paralelo y marcado de duplicados], bamcollate2 [lee BAM y escribe BAM reordenado de forma que se alinee o se intercale por nombre de consulta], bammarkduplicates [lee BAM y escribe BAM con alineaciones duplicadas marcadas utilizando el campo de indicadores BAM], bammaskflags [lee BAM y escribe BAM mientras enmascara (elimina) bits de la columna de indicadores], bamrecompress [lee BAM y escribe BAM con una configuración de compresión definida. Esta herramienta es capaz de realizar subprocesos múltiples], bamsort [lee BAM y escribe BAM ordenado por coordenadas o nombre de consulta] y bamtofastq [lee BAM y escribe FastQ; la salida se puede intercalar o desintercalar por nombre de consulta] y varios más. Las opciones se pasan como pares key=value y muchos programas tienen dos modos de operación, por ejemplo, SO=coordinate vs SO=queryname.
$ bamsort -h
$ bamsort input.bam output.bam
$ bamsormadup SO=coordinate threads=4 input.bam output.bam
$ bamsormadup SO=coordinate threads=8 input.cram output.bam
$ blastnxmltobam ref.fasta query.fasta > query.bam