catfishq
Herramienta diseñada para trabajar con archivos de secuencias FASTQ, un formato ampliamente utilizado en bioinformática para almacenar información sobre lecturas de secuencias de ADN. La herramienta permite concatenar e imprimir archivos FASTQ, ya sea comprimidos, por ejemplo, en formato GZIP o no.
$ catfishq archivo1 archivo2 archivo3
concatena y imprime en la salida estándar los contenidos de los archivos especificados
$ catfishq file1.fastq file2.fastq > combined.fastq
combined.fastq contendrá las secuencias de ambos archivos concatenadas en el mismo formato
$ catfishq file1.fastq.gz file2.fastq.gz > combined.fastq
descomprime automáticamente los archivos, los concatena y los guarda en combined.fastq
$ catfishq large1.fastq.gz large2.fastq.gz | gzip > combined.fastq.gz
concatena los archivos directamente y los comprime nuevamente en el formato GZIP