fastp
Herramienta de preprocesamiento de datos de secuenciación en formato FASTQ, que se utiliza en bioinformática para limpiar y mejorar la calidad de las lecturas antes del análisis posterior. Está diseñada para proporcionar preprocesamiento ultrarápido single-end [un solo extremo - SE] y paired-endd [extremo emparejado - PE] para datos FastQ con útiles funciones de control de calidad y filtrado.
$ fastp -i input.fastq -o output.fastq
recorta y limpia las secuencias de un archivo de entrada input.fastq y genera un nuevo archivo output.fastq
$ fastp -i R1.fastq -I R2.fastq -o R1_clean.fastq -O R2_clean.fastq
procesa dos archivos R1.fastq y R2.fastq [lecturas forward y reverse] y genera archivos limpios
$ fastp -i input.fastq -o output.fastq -q 20
recorta bases con una calidad inferior a Q20 en los extremos de cada secuencia
$ fastp -i input.fastq -o output.fastq --detect_adapter_for_pe
detecta y elimina adaptadores automáticamente en lecturas paired-end - PE
$ fastp -i input.fastq -o output.fastq -l 30
descarta todas las lecturas con una longitud inferior a 30 bases
$ fastp -i input.fastq -o output.fastq -h report.html -j report.json
guarda un informe de calidad interactivo en report.html y un archivo report.json con las estadísticas
$ fastp -i input.fastq -o output.fastq -w 8
usa 8 hilos en paralelo para acelerar el procesamiento
$ fastp -i R1.fastq -I R2.fastq -o R1_clean.fastq -O R2_clean.fastq --correction
Corrige errores en las lecturas paired-end utilizando información de ambas lecturas