ffindex
Conjunto de herramientas diseñado para manejar grandes cantidades de archivos pequeños almacenándolos de manera eficiente en una base de datos indexada. Esto es útil para aplicaciones bioinformáticas, como bases de datos de secuencias o estructuras de proteínas. Incluye las herramientas ffindex_apply, ffindex_apply_mpi, ffindex_build, ffindex_from_fasta, ffindex_from_tsv, ffindex_get, ffindex_modify y ffindex_unpack.
$ ffindex_from_fasta sequences.ff{data,index} < sequences.fasta
construir una base de datos desde un archivo FASTA que permitiría acceder a cada secuencia individualmente mediante ffindex_apply
$ ffindex_from_tsv sequences.ff{data,index} < data.tsv
construir una base de datos a partir de un archivo TSV [tab-separated values]
$ ffindex_apply sequences.ff{data,index} grep "ATG"
buscar "ATG" en cada secuencia almacenada
1.-
Crear una base de datos ffindex a partir de archivos individuales.
$ ls secuences/
seq1.fasta seq2.fasta seq3.fasta
$ ffindex_build sequences.ff{data,index} sequences/*
construir la base de datos generando sequences.ffdata con las secuencias concatenadas y sequences.ffindex con el índice de cada archivo