filtlong
Herramienta de filtrado de lecturas de secuencia genómica largas [LGS] que se utiliza comúnmente en análisis de secuencias de ADN.
$ filtlong -l 500 input.fasta > filtered_output.fasta
filtrando secuencias con longitud mínima de 500 bp
$ filtlong -m 3 input.fasta > filtered_output.fasta
filtrando secuencias con un máximo de 3 bases repetidas consecutivamente
$ filtlong -p 0.05 input.fasta > filtered_output.fasta
filtrando secuencias cuyas bes repetidas no excedan el 5% del total
$ filtlong -q 20 input.fasta > filtered_output.fasta
filtrando secuencias con calidad promedio superior a 20
$ filtlong -l 500 -m 3 -p 0.05 -q 20 input.fasta > filtered_output.fasta
combinando múltiples criterios