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flash

[Fast Length Adjustment of SHort reads]. Herramienta bioinformática para fusionar pares de lecturas de secuenciación cuando los fragmentos de ADN originales son más cortos que el doble de la longitud de las lecturas. Las lecturas más largas resultantes pueden mejorar significativamente el ensamblaje del genoma. También pueden mejorar el ensamblaje del transcriptoma cuando FLASH se utiliza para fusionar datos de secuenciación de ARN.

$ flash reads_R1.fastq reads_R2.fastq

fusionar dos archivos FASTQ con lecturas pareadas

Nota.- Los archivos generados serán out.extendedFrags.fastq [Lecturas fusionadas con éxito], out.notCombined_1.fastq, out.notCombined_2.fastq [Lecturas que no se pudieron fusionar.] y [prefijo].hist y [prefijo].histogram [Estadísticas sobre la distribución de solapamientos].

$ flash -m 15 -M 30 -o merged_reads reads_R1.fastq reads_R2.fastq

requiere al menos 15 bases de solapamiento, limita el solapamiento máximo a 30 bases y los archivos de salida tendrán el prefijo merged_reads

La salida constará de merged_reads.extendedFrags.fastq que contendrá las lecturas fusionadas [longitud aproximada de 180 bases] y las lecturas no fusionadas estarán en merged_reads.notCombined_1.fastq y merged_reads.notCombined_2.fastq.

$ flash -t 4 -o merged reads_R1.fastq reads_R2.fastq

con un equipo con múltiples núcleos,acelerar el proceso con 4 hilos

$ flash -o merged reads_R1.fastq reads_R2.fastq

fusionar lecturas