fsm-lite
Implementación ligera y eficiente de una máquina de estados finitos [Finite-State Machine - FSM] utilizada para el análisis de secuencias biológicas. Las máquinas de estados finitos son modelos computacionales que pueden estar en uno de un número finito de estados, y pueden cambiar de un estado a otro en respuesta a algunas condiciones o entradas. En bioinformática, estas máquinas se utilizan para analizar secuencias de ADN, ARN o proteínas, identificando patrones y subcadenas significativas.
$ fsm-lite -p conjunto_sano.fasta -n conjunto_enfermo.fasta -o resultados.txt
compara las secuencias en conjunto_sano.fasta y conjunto_enfermo.fasta, y guarda los motivos distintivos en resultados.txt
$ fsm-lite -p proteinas_funcionales.fasta -n proteinas_no_funcionales.fasta -o motivos_proteinas.txt
analiza las secuencias de proteínas en proteinas_funcionales.fasta y proteinas_no_funcionales.fasta, y guarda los motivos encontrados en motivos_proteinas.txt
$ fsm-lite -p variantes_comunes.fasta -n variantes_raras.fasta -o variantes_motivos.txt
busca motivos que diferencien las secuencias en variantes_comunes.fasta y variantes_raras.fasta, guardando los resultados en variantes_motivos.txt