lighter
Herramienta de bioinformática diseñada para la corrección de errores en datos de secuenciación de ADN y ARN. La mayoría de las herramientas de corrección de errores se basan en el conteo de k-meros [subcadenas de longitud $k$ que se encuentran en las lecturas de secuenciación]. Los k-meros que aparecen con alta frecuencia se consideran "correctos", mientras que los que aparecen con baja frecuencia se consideran "errores".
$ lighter -r my_reads.fastq -o corrected_reads -k 31 -t 8
lecturas de entrada en formato FASTQ, salida corregida, longitud k-mer a utilizar [31] y 8 hilos de procesamiento
$ lighter -r forward_reads.fastq,reverse_reads.fastq -o corrected_paired_reads -k 27 -max_mem 10G
con 2 lecturas de pares apareados [paired-end] y cantidad máxima de memoria RAM a 10 Gigabytes
$ lighter -r reads.fastq -o final_corrected_reads -k 21 -s 0.05 -f
-s 0.05 indica usar el 5% de las lecturas para construir el filtro Bloom de k-meros de entrada [predeterminado 1%] y -f que los archivos corregidos esten en formato fasta en lugar de fastq