nanofilt
Herramienta de línea de comandos diseñada para el filtrado y recorte de datos de secuenciación de lecturas largas. Su función principal es permitir a los usuarios filtrar y procesar secuencias de ADN o ARN obtenidas a través de tecnologías de secuenciación de nueva generación.
$ nanofilt -q 10 < input.fastq > output.fastq
filtrar las secuencias con una calidad mínima de 10 de un archivo de secuencias de ADN en formato FASTQ y salida output.fastq
$ nanofilt -l 1000 < input.fastq > output.fastq
filtrar secuencias con una longitud mínima de 1000 pb
$ nanofilt -q 10 -l 1000 < input.fastq > output.fastq
filtrar secuencias con una calidad mínima de 10 y una longitud mínima de 1000 pb
$ nanofilt -q 10 -l 1000 --trim < input.fastq > output.fastq
recortar las secuencias después de pasar los filtros
$ nanofilt -q 10 -l 1000 --trim input.fastq > output.fastq
leer directamente desde un archivo sin comprimir