obitools
Programas para analizar datos NGS [Next Generation Sequencing - Secuenciación de Nueva Generación] en un contexto de metacodificación de barras de ADN. Los programas OBITools ayudan a manipular diversos datos y archivos de secuencias de forma sencilla mediante la interfaz de línea de comandos de Unix.
$ obicount -f input.fastq
cuenta el número de registros de secuencias en el archivo input.fastq1
$ obihead -n 10 input.fastq
ver los primeros 10 registros de secuencias de un archivo
$ obitail -n 10 input.fastq
muestra los últimos 10 registros de secuencias
$ obistat -a attribute_name input.fastq
proporciona estadísticas básicas como recuento, media, desviación estándar sobre los atributos especificados en el archivo input.fastq1
$ obigrep -p "pattern" input_file.fastq > output.fastq
filtra las secuencias que coinciden con el patrón especificado y las guarda en output.fastq2
$ ecoPCR -d database_file -e 3 -l 50 -L 2000 primer_sequence > output.fasta
utiliza ecoPCR para simular una PCR in silico con los parámetros especificados y guarda los resultados en output.fasta2.