ont-fast5-api
Interfaz desarrollada por Oxford Nanopore Technologies para manejar archivos en formato HDF5, específicamente los archivos .fast5 utilizados en secuenciación de nanoporos. Incluye las herramientas check_compression, compress_fast5, demux_fast5, fast5_subset, multi_to_single_fast5 y single_to_multi_fast5.
$ check_compression --input /data/archivo.fast5
indica el tipo de compresión para cada archivo, como "VBZ" o "GZIP"
$ compress_fast5 -i /data/lecturas_sin_comprimir -o /data/lecturas_comprimidas --recursive
copia la estructura de /data/lecturas_sin_comprimir y subcarpetas a /data/lecturas_comprimidas
$ demux_fast5 -i /data/multi_reads -s /data/demultiplexadas -l barcoding_summary.txt
genera subdirectorios como /data/demultiplexadas/barcode01/batch_0.fast5, donde cada archivo contiene lecturas de un barcode específico
$ fast5_subset -i /data/multi_reads -s /data/subset --read_id_list read_id_list.txt -n 100 --recursive
si /data/multi_reads contiene archivos multi-read y read_id_list.txt lista IDs específicos, genera archivos como /data/subset/batch_0.fast5 con hasta 100 lecturas cada uno
$ multi_to_single_fast5 -i /data/multi_reads.fast5 -s /data/single_reads -n 4000 -t 4 --recursive -c vbz
convierte lecturas de /data/multi_reads.fast5 en archivos individuales como /data/single_reads/read_id_001.fast5, con compresión VBZ
$ single_to_multi_fast5 -i /data/single_reads -s /data/multi_fast5 -n 10000 -t 2 --recursive -c vbz
agrupa hasta 10,000 lecturas de /data/single_reads en archivos como /data/multi_fast5/batch_0.fast5