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openslide

Herramientas de manipulación y conversión que proporcionan una interfaz sencilla para leer imágenes de diapositivas completas, también conocidas como diapositivas virtuales [Whole Slide Images - WSI] que son imágenes grandes y de alta resolución que se utilizan en patología digital. Leer estas imágenes con herramientas o bibliotecas de imágenes estándar es un desafío, ya que estas herramientas suelen estar diseñadas para imágenes que se pueden descomprimir fácilmente en la RAM o en un archivo de intercambio. Las imágenes de diapositivas completas suelen superar el tamaño de la RAM. Además, las imágenes de diapositivas completas suelen ser multirresolución, y solo se necesita una pequeña cantidad de datos de imagen con una resolución específica. Incluye los ejecutables openslide-quickhash1sum, openslide-show-properties y openslide-write-png.

$ openslide-quickhash1sum archivo.ws

identifica de forma única una imagen de diapositiva virtual, para verificar la integridad o identidad de una imagen sin tener que procesarla completa

$ openslide-show-properties biopsia.ndpi

muestra las propiedades y metadatos asociados a una imagen de diapositiva virtual como el fabricante del escáner, resolución, dimensiones, número de niveles, etc

$ openslide-write-png tumor.svs 2 tumor_nivel2.png

extrae una región nivel 2 [0 resolución máxima] de la diapositiva virtual y lo guarda como una imagen PNG

$ openslide-write-png tumor.svs 0 recorte.png 0 0 1024 1024

extraer una región de 1024x1024 píxeles desde la esquina superior izquierda en el nivel 0

$ openslide-write-png tumor.svs 0 region_interes.png 50000 40000 2048 2048

extraer una región centrada en una zona de interés, por ejemplo, en coordenadas 50000,40000