qpdf
Programa para analizar y modificar la estructura de los archivos PDF.
$ qpdf --decrypt protegido.pdf salida.pdf
eliminar toda la información relativa al cifrado
$ qpdf --show-encryption test.pdf
Ver el tipo de seguridad y cifrado utilizado
$ qpdf --empty --pages entrada.pdf 1-5 -- salida.pdf
Extraer las primeras cinco hojas de un documento
$ qpdf --empty --pages entrada.pdf z-1 -- salida.pdf
Reordenar las páginas de un documento en orden inverso
$ qpdf --empty --pages doc1.pdf 1-z doc2.pdf 1-6 -- salida.pdf
Unir todo un documento con las 6 primeras páginas de otro
$ qpdf --optimize-images entrada.pdf salida.pdf
optimiza las imágenes del PDF para optimizar el tamaño del archivo. Útil para documentos escaneados con xsane u otros programas